在外胚层和内胚层之间是中胚层，它形成肌肉、生殖腺、血管和排泄器官。结果表明，共生藻主要存在于触手组织的内胚层，被宿主细胞的空泡包围。南方鲶的颌齿均由外胚层及中胚层分化而成。在中胚层，心脏和循环系统正在形成。输尿管纤维上皮息肉是来自中胚层组识，且极少造成儿童肾盂输尿管结合处阻塞。外胚层囊胚的外层，在原肠胚形成之后生后外胚层组织。牙胚发育过程是外胚层与中胚层相互作用的结果。指囊胚层分裂两个细胞层，形成一个原肠胚。脊索动物两侧对称、胚层，分节的体腔，在胚胎发育的早期过程中，显示为后口类型。成纤维细胞是来源于中胚层的一种间充质细胞。
